En 1895, le Service des Antiquités crée la Direction des travaux de Karnak, confiée successivement à Georges Legrain (1895-1917), Maurice Pillet (1920-1925) et Henri Chevrier (1926-1954). Entre 1955 et 1966, les travaux sont dirigés par Chehata Adam, Farid el-Chaboury, Mohammed Hammad et Farag Abd el-Mottaleb.
En 1967, un protocole est signé entre les ministres de la culture égyptien et français Sarwat Okacha et André Malraux, officialisant la naissance du Centre franco-égyptien d’étude des temples de Karnak (CFEETK).
Depuis lors, le CFEETK est la structure qui a la charge des travaux de recherche et de conservation dans l’enceinte du temple d’Amon-Rê. Il est placé sous la tutelle du Ministère du Tourisme et des Antiquités d’Égypte (MoTA) et du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). La nouvelle convention qui a été signée entre le MoA et le CNRS en décembre 2007, et renouvelée en septembre 2018, a renforcé la volonté commune de coopération sur le site de Karnak. Le 1er janvier 2008, l’équipe permanente CNRS est devenue une Unité de service et de recherche (USR 3172) avant de devenir une Unité d’Appui à la Recherche (UAR 3172), depuis le 1er janvier 2022.
Les travaux traditionnellement mis en œuvre à Karnak concernent les études épigraphiques et architecturales, l’archéologie, la conservation-restauration, l’anastylose de monuments et la mise en valeur du site. Ainsi, l’approche pluridisciplinaire est-elle indispensable, égyptologues, archéologues, architectes, restaurateurs, photographes, tailleurs de pierre, dessinateurs, documentalistes, topographes travaillant ensemble dans le plus grand domaine religieux d’Égypte.
En plus de ses propres programmes, le CFEETK joue un important rôle de plate-forme d’accueil et de soutien à de nombreux projets internationaux.